Населенные пункты Верхнетоемского района Архангельской области находятся на территориях 9-и сельских поселений.
На территории МО «Верхнетоемское» находятся следующие населенные пункты:
В состав МО «Афанасьевское» входят населенные пункты:
МО «Выйское» состоит из следующих населенных пунктов:
На территории МО «Горковское» располагаются следующие населенные пункты:
В состав МО «Двинское» входят населенные пункты:
МО «Пучужское» состоит из населенных пунктов:
На территории МО «Сефтренское» располагаются населенные пункты:
В составе МО «Тимошинское» находятся населенные пункты:
На территории МО «Федьковское» расположены следующие населенные пункты: